Fundado a comienzos del siglo XV por el infante Don Fernando de Trastámara, que más tarde sería Fernando I de Aragón, el Monasterio Jerónimo de La Mejorada fue un lugar de encuentro obligado en la Castilla de los siglos XV y XVI.

Los Reyes Católicos, Carlos V y Felipe II lo visitaron con frecuencia. Precisamente allí, en 1407, Cristóbal Colón redactó un conocido Memorial llamado de La Mejorada.

Durante los siglos XVII y XVIII La Mejorada continuó siendo un próspero monasterio. Los monjes jerónimos mantuvieron una comunidad activa interesada tanto en la cultura como en las labores agrícolas. Pero aquel modo de vida se interrumpió bruscamente con la Guerra de la Independencia.

En aquellos años la propiedad fue completamente desmantelada. Luego, la Desamortización de Mendizábal enajenó el monasterio, pasando a manos privadas.

En 1999 Bodegas y Viñedos de La Mejorada adquirió los restos del Monasterio y con él las 140 hectáreas adscritas a la misma.

En 2004, tras años de intenso trabajo en los que se plantaron las viñas y se comenzaron las tareas de restauración, la bodega quedó instalada en lo que fuera el claustro.

A finales del 2007 La Mejorada fue adquirida por la sociedad familiar del famoso arquitecto navarro José Rafael Moneo.